Медаль круглой формы из темного металла. На лицевой стороне - вверху надпись "100 лет Подводным силам", в центре - рельефное изображение подводной лодки, по бокам которой якоря; внизу - дубовая и лавровая ветви и "ВМФ". На оборотной стороне - вверху полукругом надпись "Родина, честь, мужество"; в центре рельефное изображение подводной лодки, на которой в центре звездочка, ниже - "Командиру подводной лодки"; внизу полукругос даты "1906-2006". Медаль кольцом и ушком крепится к пятиугольной пластине, обтянутой муаровой лентой синего цвета с золотистыми полосками по краям. Памятная медаль выпущена общественной организацией. Выпуск приурочен к 100-летию Подводных сил России (1906-2006 гг.).
Памятной медалью был награжден контр-адмирал Шопотов К.А..